为了追寻消失在迷宫中的父亲,独自探索迷宫的少女柯蕾,经过一番探索,终于到达了无人到达过的地下9层。
在与怪物战斗时,迷宫的墙壁崩落!从倒塌的墙壁中出现的是——管理员!?
堂本一辉是著名的钢琴演奏家,两年前突然宣布不再演奏钢琴转而攻向管风琴,更斥资建造了堂本音乐厅,准备在落成之日举行演奏会。然而在演奏会之前,堂本音乐学院的学生相继死去,先是爆炸案,后是单个被杀。园子带着柯南一行人来听排练,认识了女高音歌唱家秋庭怜子,拥有绝对音感的秋庭也开始遭遇到危险:润生茶被下药、作森林浴时遭遇空气枪袭击、试演会当天更遭击晕。然而就是从这些事件中,柯南找到了推理的逻辑:凶手试图把秋庭排除在凶杀外。这边已经正式开演的演奏会浑然不知音乐大厅外已是爆炸连天,小兰、灰原哀以及演奏厅内的一千多人顿时危在旦夕,绝对音感成为了唯一的救命线索。柯南找到了爆炸的逻辑,要在罪犯引爆最后一个炸弹前,把他找出来。
回到日本后,她遇到了一位名叫“忍者之乡”的少女。天王寺很模糊。
她告诉夏伊,她追随了“阿玛拉里尔克”的一名成员离开了村子。
与此同时,东京突然被黑球包围消失的事件发生了。英雄们为了拯救东京而出动。