内务大臣大久保利通道出过去担任政府刺客的志志雄真实正在京都密谋造反,并希望剑心协助暗杀志志雄。与斋藤一战后,察觉自己内心深处仍住着不曾改变的疯狂刽子手,剑心也因此再次踏上流浪之路。随着他的离去,舞台也来到京都。
“超进化铁道开发机构”通称“ERDA(ELDA)”,作为对付手段,开发了新干线变形的机器人“辛卡里昂”,为威胁做好了准备。
“能保护什么,可爱的人。…我...…」
中学二年级的大成泰世为了寻找两年前失踪的姐姐的线索,转入进开学园中等部。
就在这时,时隔10年,匿名出现了。偶然发现泰西作为辛卡里昂驾驶员具有很高的适应性值,被迫做出战斗的决定。
匿名者的身份和目的是什么…。斗争结束时看到的真相…。
少年们的决心和成长的故事,现在开始了。